世界由于遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。在人類文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能無效化的情況下，生化科技企業(yè)“芬里爾”成功利用荒神細(xì)胞開發(fā)出了名為“神機(jī)”的生物兵器，并同時(shí)組織了特殊部隊(duì)“GOD EATER”。自此，人類終于獲得了與荒神對(duì)抗的力量。 于是，追求知性之極致的荒神，與追求物種延續(xù)的人類之間的戰(zhàn)爭便此展開。在破滅的盡頭，究竟是神會(huì)先成為人，還是人會(huì)先成為神呢？
空木蓮華，他作為芬里爾極東支部第一位新型神機(jī)手而活躍在第一部隊(duì)。希望能將所有的荒神打倒，取回自由世界的少年。有著熱情而堅(jiān)強(qiáng)的心念，然而偶爾也會(huì)有與周圍欠缺協(xié)調(diào)性的一面。以新人GOD EATER的身份前往極東支部赴任。
面對(duì)荒神和伐折羅的雙重襲擊，雨宮同意蓮華加入作戰(zhàn)。蓮華和佐久夜將艾瑞克送到安全地帶，隨后兩人突襲伐折羅。然而計(jì)劃失敗，蓮華被伐折羅所釋放的電流擊昏。等他醒來時(shí)，發(fā)現(xiàn)自己身處監(jiān)獄，并以違反命令為由遭到囚禁。監(jiān)獄外，委員會(huì)商議收回蓮華的神機(jī)，而另一位新型適合者正從俄羅斯趕來。