噬神者（God Eater），人類的天敵“荒神”與“神諭細(xì)胞”同步組成的“神機(jī)”的操作者，能夠打倒荒神的唯一的存在，人類的最后的王牌。噬神者不僅能夠掌控神機(jī)，身體能力和恢復(fù)能力也大幅增加，能發(fā)揮超人般的運(yùn)動性能。從神諭細(xì)胞由來的偏食因子注射在人體內(nèi)，若同步測試成功，就可以獲得成為噬神者的資格，合適者必須往右手的腕輪里定期的注射偏食因子。
2050年代初，吞噬世界的一切的神秘生物突如其來。對付它們，以前的的武器是一切不通用的，人類在短期內(nèi)失去人口的大半，人類文明在崩潰的邊緣卻無可奈何。2071年現(xiàn)在，從小型到大型各種各樣的形態(tài)的荒神的存在被確認(rèn)，其中包含著很多謎團(tuán)。
為了打倒荒神而成為噬神者的少年空木蓮華，成為了新型適合者，蓮華在測試訓(xùn)練中的優(yōu)秀表現(xiàn)令雨宮三佐側(cè)目，但蓮華總是為了救他人而將自己置于危險(xiǎn)之中，這點(diǎn)令雨宮很擔(dān)憂。裝甲壁被打破，居住區(qū)遭到多數(shù)荒神入侵，蓮華不顧雨宮的阻止執(zhí)意參與出擊，他想要救助受傷的噬神者，結(jié)果反被荒神包圍，危急時(shí)刻，第一部隊(duì)前來救援。