自從櫻花枯萎到現(xiàn)在，已經(jīng)過去兩個多月了。初音島也告別了寒冷的冬季，迎來了春天。音姬和由夢是本校和附屬中學的最高年級生。在新學期開始的清晨，音姬怎么也催不起來由夢。一起出門后，看到了櫻花行道樹上的櫻花再次綻開了。
兩人走在路上，并沒有提及義之消失的話題，仿佛終于將他忘記了一樣。但是在心中音姬和由夢確實的把他記住了，而且今后也不忘記。音姬在筆記本上寫滿了義之的名字，由夢也一個人再一次將和他約會路線走了一遍。越是想著義之的事就越傷心，但完全忘記了就更可悲。即使每天都以淚洗面，也不會忘記和最愛的人一起度過的日子。兩個人都有著那樣強烈的想法。
不久，曾經(jīng)不枯萎的櫻花樹也有了新花蕾，并且萌芽了。同時，在櫻花樹內(nèi)部的櫻的意識也睜開了眼睛。她看著初音島的情況，發(fā)現(xiàn)這里有著不同的情況。小戀，奈奈佳，涉總覺得在他們之中缺少了什么。但只有朦朧的印象，對義之的事并不記得。櫻看著音姬和由夢仍然悲傷著，并且坐立不安，櫻花樹已經(jīng)枯萎了，沒有了力量達成任何一個愿望。但這樣強烈的純粹思念帶來了奇跡，回應那個愿望，于是櫻花的花蕾綻放了……